La FHU PaCeMM rassemble l’expertise de laboratoires et d’unités de recherche impliqués dans la recherche sur le microbiote intestinal.
Microbiote et système immunitaire
Mécanismes immuno-métaboliques des maladies cardiovasculaires, U970 – Paris Centre de Recherche Cardiovasculaire
Athérosclérose, infarctus du myocarde, inflammation, cytokines, métabolisme.
Pr Hafid AIT-OUFELLA – hafid.aitoufella@inserm.fr, Dr Ziad MALLAT et Dr Soraya TALEB
Pr Frédéric BARBUT – frederic.barbut@aphp.fr
Physiopathologie & Pharmacotoxicologie du Placenta Humain, Microbiote pré & post natal, UMR_S 1139
Maladies métaboliques et pathologies ostéo-articulaires liées au vieillissement, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Métabolisme et Inflammation
Maladies rhumatologiques associées aux MICI, polyarthrite rhumatoïde, spondylarthrites, arthrose, biomarqueurs, cohorte, modèles in vitro et animaux d’arthrose, collection biologique et tissulaire articulaire, maladies métaboliques, système cholinergique / nerf vague, évaluation préclinique et clinique des traitements rhumatologiques.
Prs Francis BERENBAUM – francis.berenbaum@aphp.fr, Jérémie SELLAM – jeremie.sellam@aphp.fr, Xavier Houard, Drs Claire ATTALI, Karine OUATI, Julien CHAMPEY, Camille DEPROUW, Sandra DESOUCHES et Alice COURTIES
Pr Maxime BREBAN – maxime.breban@aphp.fr, Drs Roula SAID-NAHAL, Marie BEAUFRERE, Thomas BAZIN, Simon GLATIGNY
Inflammation chronique et système immunitaire, UMR 1173 – Infection et inflammation
Spondylarthrite, génétique, immunologie, microbiote, HLA-B27.
Maladies fibro-inflammatoires d’origine métabolique et biliaire du foie, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Métabolisme et Inflammation
Maladies biliaires, cholangite sclérosante primitive, stéatopathie non-alcoolique, axe foie-intestin, nécroptose, fibrose hépatique, carcinogenèse hépatique, myofibroblastes hépatiques.
Prs Olivier CHAZOUILLERES – olivier.chazouilleres@aphp.fr et Chantal HOUSSET – chantal.housset@inserm.fr, Drs Sara LEMOINNE – sara.lemoinne@aphp.fr, Jérémie GAUTHERON et Patrick SOUSSAN
Pr Karine CLEMENT – karine.clement@aphp.fr, Drs Judith ARON-WISNEWSKI, Tipahine LE ROY, Jean DEBEDAT, Lise VOLAND, Pierre BEL LASSEN, Solia ADRIOUCH, Rafael PATINO-NAVARETTE, Emilie STEINBACH, Rohia ALILI et Véronique PELLOUX en association avec UMMISCO, Drs Jean-Daniel ZUCKER et Edi PRIFTI
Nutrition et obésité : approches systémiques, UMR_S 1269
Recherches fondamentales et translationnelles dans le domaine de l’obésité et des troubles métaboliques associés, microbiote intestinal et maladies cardio-métaboliques, impact de l’environnement, nutrition.
Instabilité des microsatellites et cancers, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Oncologie – Hématologie
Pr Alex DUVAL – alex.duval@inserm.fr
Drs Philippe GERARD – philippe.gerard@inrae.fr, Sylvie RABOT, Laurent NAUDON, Véronique DOUARD
Amipem : Alimentation, Microbiote intestinal, Pathologies Encéphaliques et Métaboliques, UMR 1319 – pôle Ecosystème Alimentaires et Digestifs
Microbiote intestinal et maladies métaboliques, métabolisme, transport et malabsorption des sucres ; microbiote intestinal et axe tube digestif – cerveau, comportement alimentaire, signaux de satiété et nutrition ; pathologies hépatiques et encéphaliques ; microbiologie, physiologie intestinale et physio-pathologie, rongeurs germ-free.
Immunologie cellulaire et moléculaire des maladies chroniques inflammatoires, U1135 – Centre d’Immunologie et Maladies Infectieuses
Cellules T régulatrice chez l’homme et leur rôle dans les pathologies inflammatoires chroniques (lupus, sclérodermie, sarcoïdose, rejet de greffe, microbiote et pathologies auto-immunes (sclérose en plaque)), caractérisation des cibles reconnues par les anticorps auto-immuns, microbiote et déficit immunitaire, technique « Phage display », ingénierie des anticorps et récepteurs des cellules T, séquençage et analyse des répertoires immunitaires ; cytométrie en flux, spectrométrie.
Prs Guy GOROCHOV – guy.gorochov@aphp.fr & Zahir AMOURA, Drs Delphine STERLIN, Jehane FADLALLAH, Alexis MATHIAN, Makoto MIYARA, Alicia MORENO & Karim DORGHAM, Christophe PARIZOT, Elyes BEN SALAH, Lise HUNAULT et Hans YSSEL
Prs Jean-Pierre HUGOT – jean-pierre.hugot@aphp.fr, Ulrich Meinzer, Drs Eric OGIER-DENIS, Emilie VIENNOIS, Xavier TRETON, Anne DUMAY, Maryline ROY
Inflammation intestinale, UMR_S 1149 – Centre de recherche sur l’inflammation
Maladies inflammatoires et mécanismes physiopathologiques, biomarqueurs, immunité innée, micro ARN, Yersinia, barrière intestinale.
ProbiHôte : Interactions des micro-organismes commensaux et probiotiques avec l’hôte, UMR 1319 – pôle Ecosystèmes alimentaires et digestifs
Ecosystèmes intestinaux, vaginaux, pulmonaires et cutanés, leurs effets bénéfiques sur l’hôte et mécanismes d’action, réponses immunitaires et physiologiques de l’hôte aux bactéries et aux champignons commensaux, aux probiotiques dans des contextes nutritionnels, dialogue hôte – microbiote intestinal et alimentation, prébiotique et/ou symbiotique, physiologie de l’hôte (naissance et vieillissement) et physio-pathologie (inflammation, cancer, obésité), axe intestin – poumon.
Drs Philippe LANGELLA – philippe.langella@inrae.fr, Sandrine AUGIER, Luis BERMUDEZ, Florian CHAIN, Jean-Marc CHATEL, Claire CHERBUY, Eugénie HUILLET, Rebeca MARTIN-ROSIQUE, Mathias LAVIE-RICHARD, Marie-Laure MICHEL, Vinciane SAINT CRIQ, Muriel THOMAS
Drs Nicolas LAPAQUE – nicolas.lapaque@inrae.fr, Joël DORE, Maarten VAN DE GUCHTE, Stanislas MONDOT, Catherine JUSTE, Christel MAILLET, Mouna HANACHI, Alexandre JAMET
FInE : Fonctionnalité de l’écosystème intestinal, UMR 1319 – pôle Ecosystèmes alimentaires et digestifs
Bactéries commensales, étude de la symbiose hôte – microbiote (ERC Homo Symbiosus), étude du rôle de l’alimentation dans la symbiose : microbiote et anorexie mentale, dégradation des fibres / polyphénols par le microbiote et perturbation / restauration de l’écologie intestinale par l’alimentation (ERC Homo Symbiosus), étude des mécanismes moléculaires régulant l’homéostasie et la symbiose : rôle de l’immunité innée ; culture de bactéries anaérobies (tubes hungate, chambre de freter), systèmes de fermenteurs, modèles animaux de colites (DDS), d’obésité (riche en gras, riche en sucre) et rongeurs axéniques, modèles in vitro (systèmes et délétion par CRISPR en lignées cellulaires) et modèles d’organoïdes intestinaux ; métagénomiques (16S) et bioinformatique.
Plasticité des muqueuses gastro-intestinales dans les pathologies nutritionnelles et après chirurgie PIMS, UMR_S 1149 – Centre de recherche sur l’inflammation
Pathologies nutritionnelles (obésité et dénutrition), chirurgie bariatrique, syndrome du grêle court, tractus gastro-intestinal, épithélium intestinal et cellules immunitaires, cellules entéro-endocrines et entéro-hormones, microbiote et métabolites microbiens ; modèles murins (chirurgie bariatrique, syndrome du grêle court), perméabilité intestinale (chambre de Ussing et in vivo) et activité de transporteurs électrogéniques (chambre de Ussing), dosage d’entéro-hormones en simplex ou multiplex.
Dr Maude LE GALL – maude.le-gall@inserm.fr
Pr Mohamad MOHTY – mohamad.mohty@aphp.fr et Dr Florent MALARD – florent.malard@aphp.fr
Réaction du greffon contre l’hôte après transplantation de cellules souches hématopoïétiques allogéniques, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Oncologie – Hématologie
Allogreffe, immunothérapie, CAR-T cell, GVH, décontamination BHRe.
Microbiome in liver disease : from susceptibility to treatment, UMR 996 – Inflammation, Microbiome et Immunosurveillance
Mécanismes de l’inflammation, microbiote intestinal et lésions hépatiques dues à l’alcool et au surpoids, lipides et cellule de Kupffer dans l’inflammation hépatiques, microbiote intestinal et cirrhose compensée, obésité, analyses sur modèles cellulaires, animales et humains.
Pr Gabriel PERLEMUTER – gabriel.perlemuter@aphp.fr, Drs Anne-Marie CASSARD – cassard.doulcier@universite-paris-saclay.fr – Dragos CIOCAN, Vanessa LIEVIN – LE MOAL & Cosmin VOICAN
Prs Catherine CHAUSSAIN, Hélène RANGE – helene.range@aphp.fr, Philippe BOUCHARD – philippe.bouchard.perio@gmail.com et Marjolaine GOSSET, Drs Jérôme BOUCHET et Adrian BRUN
Pathologie, Imagerie et Biothérapies Orofaciales, Laboratoire URP 2496
Physiopathologie orale, inflammation, remodelage osseux, modèles murins parodontites, plateforme imagerie 3D petit animal.
Microbiote, Intestin et Inflammation, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Métabolisme et Inflammation
MICI, interaction microbiome intestinal et hôte, écologie du microbiome intestinal, physiologie des cellules épithéliales intestinales, analyse des molécules hydrophobes du milieu intestinal et interaction micro-organismes et immunité de l’hôte.
Prs Harry SOKOL – harry.sokol@aphp.fr, Philippe SEKSIK – philippe.seksik@aphp.fr et Dr Nathalie ROLHION
Microbiote et omics
Microbiote, Intestin et Inflammation, UMR_S 938 – Centre de Recherche Saint-Antoine, département Métabolisme et Inflammation
Etude et analyse du microbiote : spectrométrie de masse, séquençage, métabolomique, bio-informatique et bio-analyse, modélisation de systèmes.
Prs Harry SOKOL – harry.sokol@aphp.fr, Philippe SEKSIK – philippe.seksik@aphp.fr et Dr Nathalie ROLHION
Service de pharmacologie et immuno-analyse, CEA – Laboratoire d’études du métabolisme des médicaments
Spectrométrie de masse, analyses métabolomiques, lipidomiques et glycomiques, médecine personnalisée, biomarqueurs (prédisposition, pronostic, diagnostic, ou de suivi de pathologies).
Christophe JUNOT – christophe.junot@cea.fr, François FENAILLE – francois.fenaille@cea.fr, Florence CASTELLI, Benoît COLSCH, Emeline CHU-VAN
Stockage et management des échantillons, séquençage shotgun, métagénomique quantitative et fonctionnelle, traitement bio-informatique et analyses biostatistiques, criblage à haut débit et imagerie à haut débit.
Drs Joël DORE – joel.dore@inrae.fr et Sébastiens FROMENTIN – sebastien.fromentin@inrae.fr
Plateforme d’Analyses Protéomiques de Paris Sud-Ouest, Micalis UMR1319
Métaprotéomique intestinale, intégration omics, protéomique, phosphoprotéomique, modifications post-traductionnelles, spectrométrie de masse très haute résolution : quantification relative et analyses biostatistiques (développement de paquets R de statistique en métaprotéomique et protéomique, metaprotR et MCQR).
Dr Véronique MONNET – veronique.monnet@inrae.fr et Céline HENRY – celine.henry@inrae.fr
Phages
Phage : dynamique des génomes de bactériophages, UMR 1319 – pôle Adaptation bactérienne et pathogénèse
Ecosystème intestinal, dynamiques phages – bactéries, culturomique, virome, génomique comparative, bio-informatique.
Drs Marie-Agnès PETIT – marie-agnes.petit@inrae.fr, Marianne DE-PAEPE
Microbiote et épidémiologie
Pepites : Pharmaco-épidémiologie et évaluation des soins, Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique
Pharmaco-épidémiologie, évaluation des soins, du bénéfice / risque des biomédicaments et leurs conséquences sur le bénéfice / risque des produits de santé.
Pr Laurent BEAUGERIE – laurent.beaugerie@aphp.fr, Pr Florence TUBACH, responsable équipe & Drs Julien KIRCHGESNER, David HAJAGE
Clepivir : Epidémiologie clinique des maladies virales chroniques, Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique
Pr Karine LACOMBE – karine.lacombe2@aphp.fr
Microbiote et statistiques, intelligence artificielle
Laboratoire de Probabilités, Statistique et Modélisation, UMR 8001
Statistique, machine learning, application aux sciences du vivant.
Gérard BIAU – gerard.biau@sorbonne-universite.fr et Anna BONNET – anna.bonnet@sorbonne-universite.fr
IA, machine learning, analyse prédictive, clustering, stratification, métagénomique, deep learning, modèles interprétables, CVD.
Jean-Daniel ZUCKER – jdzucker@gmail.com et Edi PRIFTI – edi.prifti@ird.fr
Telecom SudParis, Institut Polytechnique de Paris
Sylvain LE CORFF